Функционально и на уровне "для домохозяеек" или "для манагеров" - ничем. У них одна и та же архитектура, одна и та же операционная система (неважно какая, важно лишь то, что такая операционная система одинаково работает и на настольных компьютерах, и на ноутбуках), и даже, при современных компонентах, вполне сопоставимая производительность.
Разница начинает становиться заметной, когда это нужно для профессионалов, или когда "руки чешутся" собрать компьютер самому.
Принципиальное отличие настольного компьютера от ноутбука: это конструктор. Да, можно купить готовый, и многие, даже большинство, так и делают. Но многие покупают не готовый компьютер, а - комплектующие. Отдельно процессор, отдельно материнскую плату, отдельно видеокарту, память, винчестер, корпус... Во-первых, это может выйти дешевле, чем покупать готовое изделие, - тому, кто его собирал и приводил в чувство, тоже ведь надо платить зарплату. Во-вторых, это даёт возможность взять не то, что дают, а то, что нравится или хочется. Например, совершенно определённую видеокарту и совершенно определённый процессор. А вот найти готовый комп такой, чтоб в нём ЭТА видеокарта была с ЭТИМ процессором, - это та ещё задачка.
В-третьих, раз это конструктор, то его элементы можно заменить на другие. Что-то сломалось, или перестало устраивать, или просто появилась новая супер-пупер-навороченная видеокарта - не вопрос. Вынул одну, вставил другую и работай (играй) дальше.
В-четвёртых (что касается профессионалов), компьютеры нужны не только дома, но и на работе. Для решения многих неочевидных задач - скажем, система сбора данных, система управления производственными процессами и прочая и прочая, в каковых случаях часто, даже очень часто, в компьютер надо вставить какую-то специализированную фанерку. Которая заточена вот под эту конкретную задачу, и из которой может торчать куча разных проводов, весьма нетривиальных. И фиг такую фанерку вставишь в ноутбук (подчас она по размерам больше, чем сам ноутбук...).
В пятых - размер имеет значение. На современных ноубуках, особенно "имиджевых", где эстетика подчас приносится в жертву функциональности, тупо мало разъёмов. Сейчас редко можно найти ноутбук даже с тремя USB-портами, не говоря уж о 4-5 и больше. Мода на slim-дизайн тупо не оставляет места под разъёмы. На десктопах нет этого ограничения - там хоть всю стенку можно утыкать разъёмами, самыми разными.
Но, как и за всё хорошее, за многофункциональность и универсальность приходится платитью Плата для десктопов - габариты и вес. Настольный компьютер с собой не возьмёшь. И места он занимает до фига. И мебель под него нужна специальная. И розеток куча - сам ящик, монитор, а то и два... И на перебои электричества он тоже крайне нервно реагирует. Ну то есть как "реагирует"... тупо отключается, и всё.
Поэтому для тех, кого устраивают функциональные возможности ноутов и кого устраивает небольшой экран невысокого разрешения (а даже Full HD - это невысокое разрешение), ноутбук - вполне подходящий выбор. Он даёт мобильность не в ущерб производительности. Его можно взять с собой на работу/в институт, в гости, на диван, в самолёт... Компактность, лёгкость и независимость от розетки - это тоже подчас важные факторы. Особенно для манагеров.