Доктор Паскаль — шестидесятилетний учёный, врач-новатор, из под его пера выходят медицинские труды. Он занимается врачеванием, используя собственные методы и даря надежду больным. Его интересуют вопросы наследственности. На примере собственной семьи он создает свою теорию наследственности, основываясь на данных составленного им генеалогического древа. Мать Паскаля, Фелисите, — восьмидесятилетняя женщина, наслаждающаяся своим положением и состоянием в обществе, оберегающая семейные тайны, которые могли бы очернить славу Ругонов. В 1851 году Ругоны спасли Плассан от анархии, способствуя признанию государственного переворота. Фелисите стремилась уничтожить труды сына, выставлявшие в дурном свете наследственность их рода.
Паскаль живёт вдали от цивилизации, в доме с влюблённой в него верной прислугой Мартиной, и ученицей-племянницей, двадцатишестилетней Клотильдой. Брат Клотильды, Максим, пятнадцать лет назад в семнадцатилетнем возрасте стал отцом ребенка, которого родила прислуга, и которому суждено было стать жертвой вырождения рода. Шарль был умственноотсталым, как и своя прабабка, Аделаида Фук, которая вот уже двадцать лет находилась в доме для умалишенных в Тюлет. Шарль был красив и грациозен, но на лице его читалась печать скорой смерти — следствия вырождения. Как-то Паскаль, Клотильда, Фелисите и Максим отправились к старому восьмидесятитрехлетнему дядюшке Маккару, старому пьянчуге, казалось «законсервированному в спирту». В прошлом он был бандитом, и Фелисите давно мечтала о том, чтобы избавиться от этого порочного родственника. Далее семья отправляется к своей прародительнице, Аделаиде Фук, — старухе, «забытой смертью», которой было сто четыре года, она была безучастна и лишь равнодушно смотрела на всё окружающее. Перед глазами Паскаля воскресло всё столетие: Аделаида, Макар, Фелисите, он сам, Клотильда, Максим, Шарль.
Паскаль заболевает неизвестной болезнью, он чахнет, ведя аскетический образ жизни, он привык подавлять в себе страсти, и теперь он грезит о возлюбленной, дарующей ему неземное блаженство. Через некоторое время он понимает, что испытывает страсть к Клотильде, она отвечает ему взаимностью. Ослепленный страстью доктор тратит последние средства на щедрые подарки для возлюбленной, которые фактически разоряют его, одновременно нотариус, скрывшись, расстраивает его состояние.
