Принадлежал к потомкам казахских «чингизидов» торе. Окончил Омское техническое училище, затем экономический факультет Петербургского лесного института. Занимался статистикой. Сотрудничал с газетой «Семипалатинские областные ведомости»[1]
Относил себя к «западническому направлению» общественного движения казахской интеллигенции, которая «видит будущее киргизской степи в сознательном претворении западной культуры — в самом широком смысле этого слова» и «возьмёт за образец… в частности, Партию Народной Свободы» («Киргизы», в книге: Формы национального движения в современных государствах, СПб., 1910, с. 599). В то же время он активно боролся против русской колонизации Киргизской степи[2].
Алихан Букейханов стал первым биографом Абая. Его статья «Абай (Ибрагим) Кунанбаев» — некролог казахского народного поэта в связи с характеристикой его творчества была напечатана в газете «Семипалатинский листок» в 1905 году. Затем с портретом Абая она печаталась в журнале «Записки Семипалатинского подотдела Западно-Сибирского отдела Императорского Русского географического общества» в 1907 году.
Член партии кадетов с 1905 г. В ноябре 1905 года участвовал в Общероссийском съезде земских и городских деятелей в Москве, на его заседании 12 ноября выступил с речью о положении киргизского народа[3]. В конце 1905 г. в Уральске на съезде делегатов 5 областей был одним из инициаторов попытки создания (Киргизской) конституционно-демократической партии. В январе 1906 арестован «как руководитель киргизского политического движения»[4]; освобождён через 3 месяца. Член 1-й Государственной Думы от Семипалатинской области. Добравшись до Петербурга уже после роспуска Думы, он тем не менее подписал Выборгское воззвание (1906), призывавшее к гражданскому неповиновению[5]. В 1908 г. арестован вновь, до 1917 г. пребывал в ссылке в Самаре. Член Самарского губернского комитета (создан в августе 1915) Партии Народной Свободы. Был членом ВВНР, состоял в ложе «Чермака» (Петроград)[6].
Но его пути с кадетами разошлись после февральской революции, поскольку он перестал находить поддержку среди них в самом главном вопросе — предоставление автономии казахскому народу, а также по другим принципиальным вопросам (землепользование и взаимоотношение государства и церкви). Свои мотивы он изложил в статье «Почему я вышел из партии кадетов», отметив в качестве сути расхождений стремление товарищей по партии и масонских «братьев» «сохранить империю при существующих границах».
Самоопределившись, А. Букейханов создает национальную политическую партию «Алаш», идейные предпосылки которой были заложены газетой «Казах», выходившей с 1913 года, которую он создал с Ахметом Байтурсыновым и Миржакипом Дулатовым. Он участвовал в работе съезда сибирских автономистов в Томске, на котором было принято решение о предоставлении в составе Сибирской республики автономии казахам.
В декабре 1917 года по инициативе А. Букейханова на 2-м Всеказахском курултае (учредительном съезде) была провозглашена Алашская автономия, то есть автономное государство казахов. Высшим органом власти стал Временный Народный Совет, которому было присвоено наименование «Алаш-Орда», а его председателем (президентом) — А. Букейханов.
В гражданской войне А. Букейханов и алашординцы были по «ту сторону баррикад» вместе с сибирскими правителями почти до конца 1919 года, когда они оказались один на один с упрочившей свои позиции новой властью. Алашординцам пришлось пойти на единственно приемлемое, хотя и чрезвычайно тяжелое решение — войти в соглашение с идейными и политическими противниками в обмен на декларативное обещание сохранения национальной автономии. Букейханов вынужден был в этих условиях отказаться от активной политической и государственной деятельности. Он считал противозаконной акцию Ленина и большевиков по вооруженному захвату власти. С её осуждением он выступил в статье «Общесибирский съезд», опубликованной в 1917 году в газете «Сарыарка».
Алихан Букейханов перед последним арестом, 1935, и в Бутырской тюрьме в 1937.
Поскольку идея автономии не отвергалась Советской властью, А. Н. Букейханов счел для себя возможным на легальной основе работать в сфере культуры. Платформа марксизма и экономического материализма, казалось ему, давала условия для критического подхода к национальной политике, и к методам насаждения социализма. Но деятельность А. Букейханова была расценена не просто как оппозиция и инакомыслие, а как «контрреволюционная борьба против советской власти». Достигнутый между большевиками и «Алаш-ордой» компромисс был впоследствии большевиками отброшен, а лозунг «алашординец-националист» стал основой репрессий против казахской интеллигенции.