Родился в Торуни в купеческой семье, рано лишился родителей. Торунь вошла в состав Польши всего за несколько лет до рождения Коперника, до этого же город носил имя Торн и был частью Пруссии, принадлежавшей Тевтонскому Ордену.
Вопрос об этнической принадлежности Коперника до сих пор остаётся предметом (довольно-таки бесперспективной) дискуссии. Мать его была немкой(Barbara Watzenrode), национальность отца неясна, однако известно, что он был уроженцем Кракова. Тем самым, этнически Коперник был немцем или наполовину немцем, хотя сам он, возможно, считал себя поляком (по территориально-политической принадлежности). Писал он на латинском и немецком, ни одного документа на польском языке, написанного его рукой, не обнаружено; после ранней смерти отца он воспитывался в немецкой семье матери и дяди. Никколо Комнено Попадополи распространил недоказанную — и, по мнению современных историков, им же самим выдуманную — историю о том, что Коперник якобы записался в Падуанском университете поляком. Надо отметить, что понятие национальности в те годы было гораздо более размыто, чем в наши дни, и часть историков предлагает считать Коперника поляком и немцем одновременно.
