УСН и патент - это две разные системы. Как правило, предприятие выбирает либо одну, либо другую и пишет заявление об этом в налоговую инспекцию.
Если у вас был патент, то вы не можете считаться на УСН. То есть предприниматель сам выбирает систему налогообложения и ставит об этом в известность инспекцию. Если вы купили патент, то никто вам не назначит УСН без вашего ведома.
Есть варианты, когда предприятие совмещает две системы налогообложения для разной деятельности. Например, производит продукцию на патенте, а продает ее в магазине на УСН. Но это тоже только по заявлению предпринимателя.
Надо определиться, что в вашем случае выгоднее - патент или УСН, выбрать одно и написать соответствующее заявление в налоговую. На новую систему вас переведут с начала следующего года.
А в отношении штрафа нет ничего удивительного, что инспекция нашла какие-то нарушения. Если нет ясности, как платить налоги, то немудрено ошибиться.