Очень долго этот вопрос оставался в ведении исключительно художников/иллюстрат<wbr />оров/реконструкторов<wbr />, они подходили к его решению с точки зрения собственных представлений и вкуса. Мягкие ткани (в том числе кожные покровы, перья не сохраняются в ископаемом виде, точнее практически не сохраняются. Красящие вещества(пигменты) имеют белковую природу и разрушаются после захоронения животного очень быстро.
Однако к нашему времени удалось найти два способа установить возможные варианты окраски ископаемых животный объективными методами. Оба метода связаны с изучением отпечатков пернатых динозавров, к изучению которых сейчас проявляется большой интерес.
В редких случаях отпечатки перьев бывают настолько качественными, что на них удается различать форму меланосом (внутриклеточных пигментных зёрен). По их форме можно понять в какой цвет они окрашивают перья. Это правило сохраняется и для современных птиц, потомков/родственник<wbr />ов тех самых юрских, меловых, кайнозойских ископаемых.
Меланин в зависимости от концентрации может давать несколько вариантов цветов: чёрный, серый, коричневый, тёмно-красный, рыжий, белый(если меланина нет). И всё это можно понять по наличию, количеству и форме зёрен меланина при электронной микроскопии.
И второй, более глубокий способ, позволяет оценить вероятную окраску даже если форма меланосом не сохранилась. По совместному распределению меди цинка и кальция в отпечатках перьев можно установить, где располагался меланин, ведь эти металлы входят в его состав. Таким образом становится понятен характер окраски, где были полосы или пятна и какого цвета они были.
Конечно эти методы дают частичную информацию об окраске, но зато достоверную.