Сейчас каждая правительственная структура (министерство, ведомство) имеет свой сайт и даже большинство организаций - тоже (как государственных, так и негосударственных).
На сайте есть обязательной вкладка - "Обратная связь" или "Наши координаты". Очень часто здесь предлагается электронная форма письменного обращения к руководителю организации. По любым вопросам: жалоба, предложение, поздравление - сюда можно обращаться. На том конце "провода" сидит человек, который принимает ваши обращения, регистрирует их (в правительственных структурах) и подает на рассмотрение начальству.
Я два раза обращался, и оба раза получил довольно вразумительные, толковые ответы на свой адрес электронной почты, который нужно обязательно указать при составлении заявления, вопроса.
Первый раз я писал в Управление украинских железных дорог по поводу неудобного графика движения поездов.
Второй раз писал в Крым - в Управление троллейбусного парка (не помню, как называется эта структура, которая ведает междугородними троллейбусами в Крыму) по поводу стоимости проезда, и тоже получил ответ на электронную почту.
Если вы хотите жаловаться, то должны подавать заявление не тому, на кого вы жалуетесь, а на его начальника (в выщестоящую организацию). Перепрыгивать через голову и писать сразу в Москву (Киев) не надо. Это затянет рассмотрение дела.
Есть и отдельные структуры, которые занимаются обращениями граждан. Например, комитет по защите прав человека. Есть и другие организации, и у всех есть сайты.