С причиной появления всяких ненужных приложений, расширений браузера, рекламы и тулбаров согласен с автором вопроса на 99%. И избавиться от всего этого будет непросто. Один основной антивирус здесь не поможет. Поэтому предлагаю расширить проверку компьютера антивирусными сканерами и другими утилитами.
1). Лучшим из них считаю DrWebCureIt! Скачать его можно на официальном сайте разработчика.
2). У Касперского тоже есть подобный сканер. Скачать его можно на сайте Касперского.
Установки эти сканеры не требуют и с основным антивирусом не конфликтуют.
3). Указанное автором вопроса приложение могло установить ненужные расширения в основной браузер. Поэтому нужно внимательно просмотреть имеющиеся в нём расширения. Которые могут вызвать появление рекламы. И если среди них будут такие, которые Вы не устанавливали, то немедленно удалите их.
4). Для выявления ненужных тулбаров и рекламных модулей желательно проверить компьютер утилитой AdwCleaner. Она ищет такие вещи, которые антивирус не находит. Всё, что она найдёт, нужно удалить. Для проверки браузера также есть утилита FixerBro.
P.S. На будущее: прежде чем устанавливать что-то, желательно проверить файл дистрибутива этого "чего-то" на сайте "Virustotal".
Для этого нужно нажать "Choose file", выбрать на компьютере нужный файл, и он загрузится на сайт. Где его проверят 70 антивирусов. Если все записи окажутся зелёными, то вирусов в файле нет. Если 1-2 записи окажутся красными, то у антивирусов иногда бывают и ложные срабатывания. Если красных записей много, то файл наверняка заражён.