Собственно, г-жа Шуня дала ответ на этот вопрос. Правда, читать его следует между строк, продираясь сквозь недомолвки и передёргивания.
Дело было так.
В период между мировыми войнами общество и его структура в прибалтийских странах были очень отсталые, в них было много архаических уже на тот момент компонентов. Существовало довольно много противников их, но и количество бенефициаров архаики оказывалось очень большим. Что хуже всего, они имели громадное влияние на умы множества людей, которые сами не являлись мелкими хозяйчиками, но сохраняли такую же психологию.
Когда началась советско-фашистская война, в Прибалтике на пути интервентов встали её лучшие представители. К сожалению, громадное количество эстонских, литовских и латвийских рабочих погибли в ходе боевых действий (они воевали, к примеру, в составе 130-го Ордена Суворова латышского корпуса).
Соотношение сил между этими "национал-предателями" (которых совсем немного вернулось после войны) и "истинными патриотами" сдвинулось в пользу вторых.
Это была, в принципе, решаемая проблема. Но беда в том, что в течение конца сороковых - конца пятидесятых годов СССР двинулся по капиталистическому пути. Что это означает? А это означает, что несмотря на некоторые отличия во внешности экономической структуры, появилось вполне закономерное для таких стран явление - тенденция к усилению национализмов у всех народов вообще, к разжиганию национализмами друг друга. Вот это-то и стало действительной причиной конфликтов.
Ну а насчёт "депортации 1941 года" и прочего, она стала просто удобным аргументом для националистов прибалтийских стран. Как известно, приверженцы национализма всегда умеют найти повод для выставления себя несправедливо обиженными: если он в какой-то мере реален, его раздувают до небес, а если ничего толком не находится, то... придумывают и тоже раздувают до небес.