Как и везде, на Филиппинских островах существовало язычество, а первой из мировых религий появился здесь ислам. Он проник на Филиппины еще в далёком 1210 году вместе с арабскими купцами на остров Минданао, там в XV веке образовались два султаната.
Однако испанцы во время Контрреформации в XVI веке в период колонизации Филиппин принесли с собой католицизм и сейчас большинство населения островов - католики, это единственное государство в том регионе, где христиан большинство. Именно католичество помогло языческим племенам объединиться и образовать самостоятельное государство.
Интересный метод использует в стране Католическая церковь, она заключила договор с местными провайдерами мобильной сети и распространяют Евангелие с помощью рассылки бесплатных SMS. Назвали новую службу Катекстизмом (катехизис + текст). Теперь филиппинцы получают на свои сотовые телефоны цитаты из Библии, комментарии к ним и молитвы.
В борьбе за освобождение от колониальной зависимости в конце XIX века католическая церковь не поддержала националистов, была на стороне испанцев. Она лишила сана священника лидера национального движения Грегорио Аглипая, тогда он в 1902 году организовал Католическую Национальную Церковь, не признающую верховную власть Ватикана, во главе Национальной Церкви стоит митрополит. Насчитывает Национальная Церковь примерно 4 миллиона верующих, её общины есть в Канаде и США.
Между христианами и мусульманами, которых 5 % населения, отношения напряжённые, сепаратизм мусульман может привести к отделению острова Минданао от Филиппин.
Много мелких религиозных течений - протестанты, баптисты, пресвитериане, пятидесятники, иезуиты и другие.
