В интернете есть множество сервисов по проверке орфографии (например, от яндекса или morphology.ru, однако ни один из просмотренных мной онлайн инструментов не проверял расстановку знаков препинания. Это и понятно, ведь то, куда поставить запятую, зависит от смысла, взять хотя бы хрестоматийный пример "Казнить нельзя помиловать", в котором запятую можно поставить где угодно, на наше усмотрение.
Наилучшим вариантом остается приложение Офиса - Microsoft Word, который пусть не всегда на 100%, но пунктуацию проверяет. Как он это делает, видно на картинке. Надо написать текст и нажать F7:
Посмотреть, где скачать бесплатный Ворд, можно в этом вопросе.
виндовс муви мейкер, присутствует в операционной системе windows, поковыряйтесь в эффектах
Давным давно, когда писал диплом, и опыта мало было и времени осваивать премудрости Ворда тоже, пошел по пути наименьшего сопротивления: каждый раздел или главу писал отдельным файлом. Изменения в одном не касались изменений в других. Склеить можно по готовности, а можно и не склеивать а нумерацию страниц проставить перед выводом на печать.
На данный момент, самым лучшим веб-сервисом для проверки текста на ошибки, считается сайт - Орфограммка.ру. На этом ресурсе даже не обязательно регистрироваться, достаточно иметь аккаунт в одной из соц. сетей (Яндекс, Маил, Фейсбук и т.д.). Программа проверяет текст на наличие всех выше перечисленных ошибок.