Существуют обе формы написания: нехарактерный (утверждение) и не характерный (отрицание).
Задача решается стандартным путем, при этом желательно знать ряд синонимов для обоих вариантов.
Нехарактерный (синонимы): Единичный, несвойственный, отдельный, редкий, непоказательный.
Характерный (синонимы): свойственный, типичный, присущий.
Стандартное решение
1) Это нехарактерный случай (= единичный, несвойственный, отдельный, редкий, непоказательный). Замена синонимом.
2) Усиление утверждения: Это совершенно нехарактерный случай.
3) Противопоставление<wbr />: Это не характерный, а единичный случай.
4) Усиление отрицания: Это далеко не характерный случай (нисколько не характерный)
Это стандартные варианты (формальное решение), но на выбор формы могут влиять и другие факторы.
Этот период не характерный, не показательный, не самый лучший (= а особый, индивидуальный). Противопоставление подразумевается их контекста.
Этот предмет для средневековья явно не характерный (отрицание по смыслу, определяется по контексту).
Стиль письма необычный, не характерный для этого художника. В обособленных оборотах при наличии зависимых слов частица НЕ может писаться раздельно по аналогии с причастиями.