Обычным образом не возможно. Дело в том, что все программы требующие инсталяции формируют свои пункты в реестре, с помощью которого ОС с ними взаимодействует. Переустанавливая ОС, Вы так же и стираете все записи в реестре, со всеми его пунктами. Поэтому, естественно, что если вы тупо сохраните папку C:\Program Files, то ничего не произойдет. Программы не будут работать, а заново установленная ОС не будет с ними взаимодействовать. Есть программы, которые сами по себе не требуют установки, и могут работать непосредственно с папки где размещены. Но это чаще всего взломанный софт. Чаще такие программы называются Portable. Но это, как правило небольшие приложения, или урезанные. Все серьезные программы в большинстве случаев требуют установки и не могут работать без нее. Существует другой способ сохранения, о котором Вы говорите. Это образ системного раздела. Ставите ОС, ставите все программы какие желаете иметь на компьютере, настраиваете их работу, чистите реестр и проверяете его на наличие ошибок подручными программами, типа Auslogics Boost Speed, или подобной, и создаете образ диска "С", с помощью, скажем Acronis True Image. Если ОС "упадет", или случиться какая иная беда, то с помощью образа созданного этой программой, можно минут за 10-15 раскрыть архив, и получить полностью рабочий системный раздел, в том виде, который он имел на момент сохранения.