Чтобы точно сказать, чем занимался в колонии Ходорковский нужен либо человек, который рядом с ним отбывал наказание, т.е. был так называемым семейником для него, либо человек, который непосредственно с ним работал. Всё равно опер это или начальник отряда. Но я ни тот, ни другой. Поэтому могу только предполагать на основании типичных случаев отбывания наказания подобными людьми.
Ходорковский явно не стоял за станком и не сидел за швейной машинкой. Как бы мы к нему не относились, но надо признать, что он совершенно не дурак и голова его хорошо варит. А для таких в колонии есть множество гораздо менее трудоёмких оплачиваемых должностей.
Немаловажно и другое - способность принести пользу родной колонии. Всё равно чем. Будут это финансовые вливания от попечителей или в результате гуманитарной помощи (что наиболее вероятно) или другие виды помощи в виде инвестиций в производство, встреч с интересными людьми и т.д. и т.п. А такие возможности у Ходорковского явно были... Так вот, это выводит в другую категорию человека и обеспечивает ему не пыльную должность библиотекаря или дневального по клубу или школе и т.д. и т.п. Ну, или на крайняк нарядчиком. И тут дело не в коррупции сотрудников. Жизнь такое диктует и состав заключённых. Просто такой тип зэков именно для таких работ наиболее пригоден и может принести максимальную пользу. Особенно, если законопослушный и стремится к освобождению. А, судя по всему, Ходорковский в колонии был паенькой. Это даже не зависит от страны. Везде приблизительно так.
Конечно, возможностей для приобретения новых специальностей в колониях достаточно, но нужна личная мотивация. А вот её у Ходорковского точно не было. Ибо планы на дальнейшую жизнь у Ходорковского явно были другие. Это тип людей, которые чужую доброту неизменно воспринимают как личную победу и слабость оппонента. Что и показала его дальнейшая после освобождения деятельность.
Что же касается того, пользовался ли он авторитетом. Несомненно. Но не криминальным. Он в криминал вообще, скорее всего, не лез, считая себя небезосновательно птицей гораздо более высокого полёта. Оказывал услуги советами и написанием жалоб и кассаций, плюс финансовая помощь на общак, тем самым заняв свою авторитетную нишу, дав возможность воровского руления другим. Как-то так.