Полагаю, что вопрос состоит в том, почему не любят именно, когда их моют, а не плавать сами по себе. Поэтому раскрывать буду именно тему купания.
Самый главный критерий - это нарушение естественного температурного режима тела кошки во время купания. Именно шерсть поддерживает оптимальную температуру животного, что позволяет ему не мерзнуть, когда холодно, не перегреваться, когда жарко. Поэтому вода для кошки - стресс и переохлаждение. В отличие от собак они долго и мучительно сохнут.
Кошки - свободолюбивые существа, которые не любят что-то делать по указке и принуждению. Помещая в воду, Вы нервируете их: и лапаете, и ценную для них шерсть по непонятным причинам осмелились вымочить, еще и намазываете какой-то дрянью. Они терпеть не могут всякие ароматности, которыми может пахнуть используемый Вами шампунь.
Другое дело, если кошка сама приняла решение поиграться в воде - например, плавает там что-то интересное для нее. Тогда, во-первых, она увлечена процессом вылавливания, что забирает все внимание питомца, во-вторых, она сама хозяйка ситуации.