Как правило, подобные замечания индексируются роботом гугла при очередном обходе сайта, после того, как на сайте произошли изменения. К примеру, если Вы что либо вдруг удалили, или переместили, то робот просмотровик не может это уже обнаружить, и поэтому он выдает ошибку индексации. На самом деле все очень просто. Но по большому счету, это дает только один вывод - что не стоит ничего удалять на сайте. Уж если размещено, то любая информация будет интересной и важной. А с другой стороны, такие ошибки индексации тоже особо ни на что не влияют, и просто существуют как факт в отчете.
В принципе, сделав несколько раз такой отчет в разделе управления сайтом, больше туда и не заглядываешь. Правда и сам гугл иногда на сайт тоже не заглядывает, и поэтому возникает беспокойство и вопрос, а не связано ли это как то с ошибками индексации. Скорее всего нет.
Что же касается сайтов с большой посещаемостью, то здесь данный инструмент может применяться иначе, и мне пока что об этом ничего не известно. Вот со временем, изучу данный вопрос более подробно и детально, и выложу дополнение к данному ответу в развернутой форме.
Как я заметил, что яндекс менее критично относится к данному вопросу, да у него и нет такого отчета. А вот гугл имеет такой отчет, и для него этот вопрос важен, вероятно. Что примечательно, что яндекс в принципе осуществляет и дает в итоге большую посещаемость, чем гугл. Честно говоря, с яндекса посетители переходят каждый день, а с гугла крайне редко, а иногда ни разу за целый месяц. Вот поэтому так и интересует вопрос, а не связано ли это с ошибками индексации. Скорее всего нет.
Как повысить степень индексации в гугл, пока не совсем понятно. Вероятно сам гугл в принципе больше всего индексирует, и поэтому по запросу данный ресурс просто может не попадать на первую страницу вывода результата. То есть, вероятно за счет того, что в яндексе меньше ссылок в принципе, за счет этого данный ресурс иногда и попадает на первую страницу, а вот в гугле совсем не попадает, ни разу.