Я думаю, что программы здесь не нужны. Сейчас все эти процедуры делаются в онлайн режиме. Есть один сайт под названием ранкивити он вам покажет на каком месте ваш сайт по тому или иному запросу. Также неявные графики роста или падения вашего сайта с позиций поисковой выдачи.
Вот ссылка на детальное описание тык
В целом положительно, если эти внутренние ссылки выглядят естественно и органично вытекают из содержания ответа.
Но тут, как и везде, важно чувство меры.
Для того, чтобы поиск яндекса выдавал определённый сайт, нужно, чтобы этот сайт был яндексом проиндексирован. У яндекса есть специальный робот поисковик. Поэтому необходимо указывать на сайтк ключевые слова, тэги для поиска.
На положение сайта в выдаче влияет множество факторов.
В первую очередь влияет контент, которым наполнен ваш сайт, если этот контент не уникален, забудьте про индексацию вашего сайта поисковиками.
Количество ключевых слов в статье так же влияет на место выдачи сайта.
Так же повысить место выдачи можно с помощью размещения ссылок на ваш сайт на других сайтах, тем самым повышая ТИЦ, чем выше ТИЦ, тем выше ваш сайт в запросе.
Чтобы страницы сайта быстрее проиндексировались в поисковиках, рекомендую добавить сайт в яндекс вебмастер (ссылка), google search console (ссылка), mail вебмастер (ссылка), можно еще и в bing webmaster tools добавить, для индексации в bing.com и yahoo.com (ссылка). Скорость индексации в вышеприведенных поисковых системах различная. Быстрее всего страницы индексируются в Google и Yandex. Обычно, чтобы страницы появились в поиске нужна неделя, максимум две. Если контент на вашем сайте уникальный и "нужный", то рано или поздно страница вылезет и появятся первые посетители. Также не забывайте о том, что, так как сайт молодой, то более возрастные сайты конкуренты по вашей тематике будут располагаться выше. Да и чем больше будет качественного, уникального и интересного контента, тем больше на сайте будет посетителей.