Пол живого существа и грамматический род слова - разные вещи. В русском языке ручка женского рода, а карандаш мужского, и что? Они оба неодушевленные предметы. Слова мужчина, папа, дядя оканчиваются на те же гласные, что и женшина, тётя, мама, вода, земля и относятся к одному с ними типу склонения. В нашем языке сложилось так, а в английском и ручка, и карандаш никакого рода, просто неодушевленные, а он или она говорят только про людей и явно раздельнополых животных. Корабль поэтически называют она.
Греческое слово орган, действительно, в русском языке мужского рода, но названия конкретных органов относятся к разным родам. Если говорить про половые органы, то яичко, преддверие и влагалище - среднего рода, вагина, вульва, мошонка, матка, труба, головка, плоть, щель женского, член, клитор, яичник - мужского.