В 16 веке большей частью Прибалтики - Эстляндией, Лифляндией и Курляндией - владел Ливонский Орден.
Государство Ливония, основанное рыцарями-крестоносцами в 16 веке представляло из себя довольно слабое государственное образование, раздираемое внутренними смутами.
Московское же царство значительно усилило свои позиции к этому времени, в том числе и за счет военных реформ, проведенных Иваном Грозным, а также за счет удачной экспансии в других направлениях своей внешней политики - завоевание Казани, например.
По своему положению Ливония имела важное торговое и стратегическое положение, но она же блокировала торговые связи Московского царства с Западом и всячески препятствовала сношениям, которые Москва вела с Западной Европой через их область.
Ливония, опасаясь быстрого подъема Москвы, была настроена в отношении нее весьма враждебно, и старалась всячески препятствовать дальнейшему усилению экспансивного соседа.
Московские цари, лишив независимости Новгород, наследовали его коммерцию.
Не стерта была и память о былых временах, когда Прибалтика была под контролем русских князей.
Поэтому Московские правители считали, что имеют на Ливонию вполне законные права.
Еще одним фактором, толкавшим русское государство на войну с Ливонией, было то, что она представляла из себя живой интерес и для других соседей, а это могло привести к тому, что ее территорией мог завладеть какой-нибудь другой, более сильный враг, который создавал бы Москве ещё больше проблем, например, Великое княжества Литовское или Швеция, которые также проводили политику экономической блокады России и так же не были заинтересованы в ее усилении.
С этапами, хронолоией и ходом боевых действий можно подробно ознакомиться здесь - Ливонская война(1558 - 1582 гг.)