Использование ЭЦП в Linux возможно, но на данный момент это гораздо менее удобно, чем в Windows.
Даже в Windows новичку может быть трудно разобраться в настройке ЭЦП для клиент-банка или авторизации на сайте налоговой, и это при том, что интерфейс апплетов для настройки графический. А в Linux криптопровайдер и вовсе настраивается через консоль, что усложняет настройку. Также у Крипто-Про под линукс по стостоянию на прошлый год отсутствует хорошая документация.
Что нужно для работы ЭЦП под любой ОС, будь то Linux или Windows - один и тот же набор программных инструментов, но заточенных под конкретную ОС: криптопровайдер (например Крипто-Про SCP, самый популярный), сама ЭЦП (обычно поставляется на токене, который выглядит как флэшка и в некотором роде ею и является) и драйвер токена (например, Рутокен).
Что нужно, чтобы пользоваться уже готовой и настроенной ЭЦП - обычно это только браузер, т.к. через него отправляются и подписываются документы в онлайн-банк. Требования к браузеру указаны самим банком, который принимает документы через банк-клиент. Как правило, это кроссплатформенный браузер, такой как Chrome или Firefox. Некоторые организации требуют для обмена документами Internet Explorer и только его, что исключает использование линукса, т.к. корпорация Microsoft не делает свои браузеры под альтернативные ОС. Решение может быть либо Wine, либо виртуальная машина с гостевой Windows, настроенная на проброс USB-порта с токеном в гостевую ОС. Второй вариант более требователен к железу компьютера, т.к. виртуальная машина с запущенным браузером потребляет довольно много оперативной памяти, чего можно себе позволить не на каждом офисном компьютере.
Даже в Windows есть свои нюансы по использованию ключей шифрования. Если у вас Windows 10, то лучше использовать КриптоПро версии 4.0 или выше (более старые версии Крипто-Про могут работать нестабильно). Если у вас Windows 7 или 8, то может подойти и более старая версия Крипто-Про, например, 3.8 или 3.9.
Как настроить ЭЦП под линуксом на практике, читайте в статье.