Разница простая.
Свидетелями могут быть те, кто присутствовал при совершении преступления, мог видеть преступника, жертву, похищенное - в общем, располагает сведениями, которые могут помочь раскрыть преступление, изобличить виновных и в деталях реконструировать всё, что произошло. Используются, конечно, и другие источники информации, включая собственные логические выводы следователей.
Понятые - это специально приглашаемые для наблюдения за обыском жилья подозреваемых и обвиняемых в совершении преступлений, их транспортных средств, личных вещей и т.д. То есть они уже являются участниками следствия.
Кроме того, свидетелей может быть сколько угодно, а понятых всегда только двое (не больше и не меньше).