CPU - это процессор. Лимит на CPU - это ограничение на его использование.
Если говорить о хостинге, то тогда CPU это процессор сервера, на котором базируется хостинг.
Есть два вида скриптов для вебстраниц: выполняющиеся на ПК конечного пользователя (например html) и выполняющиеся на самом сервере (например php).
Те инструкции, что выполняются на сервере, используют работу процессора сервера, то есть используют CPU сервера. Можно заставить CPU сервера выполнять "тяжёлые" инструкции, например анализ больших массивов данных, долгие математические вычисления и т.п. От этого будет серьёзная нагрузка на сервер, тем более если у хостящегося сайта будет много посетителей, и каждый посетитель будет открывать страницу, которая будет напрягать сервер массой инструкций, от этого CPU будет загружен на 100%.
Поэтому вводят лимиты на количество использования процессорного времени (чтобы не перегружали сервер). Если данный лимит недостаточен, то необходимо купить другой, более дорогой тариф, с большим лимитом. Если выбранный хостинг не имеет более мощных тарифов, нужно подыскать другой хостинг.