Да почти никак...
Ровно так же, как мы, идя по улице, не защищаемся от падающих сверху балконов. По той простой причине, что падения балконов хоть и случаются, но случаются настолько редко, что заранее на это закладываться нет никакого смысла.
Серьёзную угрозу для станции может представлять только сравнительно крупный камешек, размерами от нескольких миллиметров и больше. Но доля тел такого размера в общей массе метеоритного вещества, с которым сталкивается Земля, ничтожна. По оценкам, частота появления в околоземном пространстве метеороида (а не метеорита! Метеоритом он станет, только если до земной поверхности долетит) размером в 0,25 мм - 1 раз за 33800 часов, а метеородида размером в 0,5 мм - раз в 1 лет. И чем больше размер, тем меньше вероятность. За всё время "космической эры", то есть не то что существования МКС, а вообще с 1957 года, зарегистрирован всего один случай повреждения спутника метеороидом.
И тем не менее на МКС применяются меры по предотвращению такой угрозы. Правда, исходит она не от небесных тел, а от вполне земных: космический мусор. На орбите летают не только спутники, но и до фига всякого мусора: остатки последних ступеней ракет-носителей, выработавшие свой срок аппараты, обломки от столкновений спутников друг с другом (такое тоже случалось), обломки от экспериментов по намеренному разрушению спутников в рамках испытаний разных систем оружия... И вероятность столкновения МКС с этим мусоров неизмеримо выше, чем с метеороидом опасного размера.
Тракетории космического мусора отслеживаются специальной организацией - USSTRATCOM (Стратегическое командование ВС США), из их отделения, расположенного на авиабазе Вандерберг. Они ведут каталог всех околоземных объектов, размер которых превышает 10 см. Если расчёты, которые проводятся три раза за сутки, показывают, что один из таких объектов попадает в "зону безопасности" МКС, то есть +- 2 км по высоте орбиты и размером 25 км "по горизонтали", то USSTRATCOM сообщает об этом НАСА, которая рассчитывает вероятность столкновения объекта со станцией. Если эта вероятность превышает 1/100000 (одну стотысячную, Карл!), то правила эксплуатации станции предписывают изменять её орбиту - если только это не помешает текущим экспериментам ("жёлтый уровень" опасности). Если же вероятность столкновения превышает 1/10000 ("красный уровень"), то орбита станции изменяется обязательно - если только такое изменение не представляется ещё более рискованным манёвром. Планирование манёвра уклонения начинается за 28,5 часов до предполагаемого момента столкновения - столь необычное время связано с поясной разницей между Хьюстоном и московским ЦУПом, который по данным от НАСА рассчитывает циклограмму манёвра.
В худшем сценарии экипажу станции предписывается заныкаться в "Союзе".
И в дополнение к активной защите, маневрированием, на станции есть и обычные противометеоритные щиты. Их вполне хватает для защиты от микрометеоритов, размеров в десятки микронов. Которые как раз и составляют львиную долю в общей массе метеороидного вещества, сыплющегося из космоса. Исследования, в том числе и статистика космических станций, показывает, что столкновения с микрометеоритами, да, случатся, но это приводит лишь к появлению каверн и кратеров миллиметрового размера на поверхности станций. Чтоб аппарат прошило насквозь - такого не случалось. Ведь даже на пике метеорных потоков, когда частота метеоров - порядка 1 за минуту, вероятность попадания такой частицы в сравнительно компактный объект остаётся исчезающей малой.