Генетика и кибернетика объявлялись лженауками по совершенно политическим причинам. Генетика -- по причине наличия собственного "научного светила" -- Лысенко. У тогдашней генетики было одно слабое место -- не было ничего известно о материальном носителе генетической информации (структура ДНК расшифрована только в 50-х годах, что и давало формальное основание объявлять "вейссманизм-морганизм" идеализмом и метафизикой. К тому же это было "буржуазное учение" с Запада, а на другой чаше весов -- Лысенко, самородок из народа. Официальная поддержка Лысенко с его "мичуринским учением" сопровождалась не только словесным шельмованием "вейссманизма-морганизма", но и вполне себе физическими преследованиями ученых-генетиков, осмелившихся пойти против Лысенко, а значит, и против Сталина, который его поддерживал.
С кибернетикой история была немного другая -- у нас не было такого "светила", приближенного к правящей верхушке, но она вызывала неприятие по чисто идеологическим причинам. Как же так, человека труда, пролетария -- заменят роботы?! А еще какие-то западные буржуазные ученые (а не Маркс и Энгельс с Лениным) будут указывать, как управлять государством? Но с кибернетикой ситуация отличалась коренным образом: если генетические исследования жестко пресекались, то ругая кибернетику, мы... ее вовсю развивали. Только кибернетикой не называли (вместо этого она называлась "теория автоматического управления" и старательно обходили "идеологически спорные" моменты. Но эти нестыковки с советской идеологией были на периферии практической кибернетики (хотя являлись едва ли не ядром ее философии, ее теории), что позволило в разгар гонений на кибернетику успешно и со сравнительно небольшим отставанием по отношению к США создать первые в СССР компьютеры. К тому же гонения на кибернетику продлились недолго -- в 1955 году. Однако вообще идеологические и административные вмешательства в развитие вычислительной техники в СССР не прекратились и, видимо, сыграли серьезную роль в нарастающем отставании от Запада.
Что же касается использования понятия "лженаука" сейчас (в отношени гомеопатии в том числе) -- принципиальная разница в том, что сейчас этим понятием не оперирует государство в угоду идеологии. Происходит ровно обратная ситуация: множество, выражаясь языком Википедии, "неакадемических направлений исследований" находят свою активную поддержку в том числе во властных структурах. Торсионщики, Петрик со своими фильтрами, креационисты -- все они так или иначе стремятся (часто успешно) завести себе лоббистов "наверху". Собственно, как Лысенко. Только сейчас не сталинская эпоха и пока еще властям кажется неприличным и неудобным начать массовую травлю, к примеру, эволюционистов-дарвинистов, подобную травле генетиков при Сталине. Хотя очень хочется и люди просят -- ну давайте, невтерпеж же. В общем, не оперирует наша власть пока понятием "лженаука".
Что же касается гомеопатии -- причины ее отнесения к лженауке достаточно прозрачны и очевидны. Она действительно вопиюще не соответствует критериям, которым должно удовлетворять научное направление, она оперирует фантастическими измышлениями, взятыми с потолка, как твердо установленными фактами. Наконец, она отрицает общепринятые методы клинических испытаний лекарств (еще бы -- они показывают неэффективность гомеопатических препаратов).
И опять же -- если сравнивать гомеопатию с генетикой, ситуация коренным образом отличается. Генетику гнобили "сверху". То есть "сверху" поступило распоряжение: считать генетику буржуазной лженаукой. С гомеопатией наоборот: "верх" (в лице Минздрава) считал (и пока продолжает считать) гомеопатию просто одним из направлений современной фармакологии. А "снизу" звучали поначалу робкие голоса ученых "ну чушь же это, ну как вы не видите". Сейчас эти голоса уже зазвучали из более-менее официального органа, Комиссии по лженауке РАН. Но надо понимать: эта самая комиссия это не орган государственной власти. От того, что она сказала "гомеопатия -- лженаука", не значит, что гомеопатия сразу исчезнет из медицины и врачи перестанут назначать при гриппе "Оциллококцинум". Это только обращение к Минздраву, а прислушается он к ней или нет -- большой вопрос.