Если голова на плечах, то особой разницы нет. Темы оформления, эмулирующие внешний вид есть в обоих направлениях (можно преобразить windows до состояния Linux и наоборот). Защищенность адекватная везде, но для Windows и Linux разный подход и понимание этого принципа есть далеко не у всех. Потребление ресурсов сильно зависит от дистрибутива Linux и неосмотрительности начинающих пользователей Windows устанавливать программы, запускающие всякого рода "информеры". С поддержкой устройств Windows однозначно лучше. Но это специфика, которую несложно отследить покупая оборудование.
Все проблемы надуманы и поддерживаются не поклонниками систем, а противниками.
По поводу массовости: Windows более популярна среди пользовательских систем, Linux в виде серверных решений (как альтернатива Unix).
Про скорость: есть тесты (копирование папки с диска на диск, копирование папки по сети) это более-менее адекватные тесты, проведенные на одном и том же железе двух компьютеров с замерами обычным секундомером... и результаты в пределах погрешности одинаковы. Другое ПО и функции сравнивать проблематично.