Мыс мужем тоже были в подобной ситуации: муж церковь не посещает, поскольку не признает самого института Церкви. В какой-то период он все же созрел для венчания, и мы обратились в церковь с просьбой обвенчать нас.
Нам дали согласие, и вот накануне венчания мы были на службе, далее следовала исповедь. Когда зашел муж, батюшка, видимо, как-то догадавшийся, спросил у мужа, верит ли он в Бога. Муж честно ответил: "Так, как верите Вы - нет" (он правда считает, что Бог есть, но институт Церкви для обращения к нему не нужен).
Батюшка сразу же отказался нас венчать, даже не смотря на то, что мы действительно оба искренне хотели обвенчаться.
Многие потом говорили, что можно было бы и соврать, но венчаться при помощи вранья наверное глупо и нелепо.
Так мы и не обвенчались.
Вам самим стоит принимать решение, нужно ли Вам венчание, но учтите, что вопрос о вере может быть задан и об отношении к церкви, и от данного ответа будет во многом зависеть, обвенчаетесь Вы или нет.