Иногда во всем виновата сторонняя программа, которая внедрилась в компьютер в пакете вместе с каким-либо бесплатным ПО. Нужно внимательно осмотреть "программы и компоненты" на наличие ненужных программ. Если таковые имеются, их удаляют по месту установки (через Unlocker), перезагрузить компьютер, удалить программы через "программы и компоненты", перезагрузить компьютер, по чистить реестр при помощи твикеров, перезагрузка.
Переустановка браузеров не поможет, вирус (а это именно он, тот самый троян и есть) сидит не в самих браузерах, а где-то глубоко в системе.
Чтобы его найти и обезвредить в большинстве случаев достаточно проверить компьютер хорошим антивирусником (только самая полная проверка) и уничтожить все, что он найдёт.
В тяжёлых случаях потребуется консультация специалиста. Вирусы бывают разные, помимо показа ненужной рекламы они могут ещё много бед натворить, иногда не обойтись без переустановки системы.
После очистки компьютера от вируса следует внимательно посмотреть на настройки браузеров (вирус мог их изменить), очистить историю и кеш. Если все работает не так как хотелось бы, а что конкретно поменялось не совсем ясно можно переустановить браузер, но при этом все сохраненные в нем данные (закладки, логины и пароли и тд) удалятся.