Рассада перца - может плохо расти по самым разнообразным причинам, если же перец плохо растёт, всё же где то была допущена ошибка.
Помните - для рассады перца лучше выбирать свежую почву, где ранее не были посажены цветы или овощи, т.е не подходит почва с огорода, самая лучшая почва, если взять отдалённо от садов и огородов.
Вторая причина, почему может плохо расти перец , это резкие перепады температуры , возможно Вы не соблюдали режим температуры , мини тепличку - поспешили сразу убрать после первых входов, поэтому растение пережило стресс , в итоге перец - плохо растёт.
Третья причина, возможно это сквозняки на подоконнике или в близ окон , перец теплолюбивое растение, предпочитает теплое помещение около - 20 - 25 градусов, ночью чуть ниже.
Четвёртая причина - возможно вашим перчикам не хватает достаточного освещения, из за недостатка освещения - перец может плохо расти и вытягиваться, лучше будет если Вы предоставите перцу - достаточного освещения.
Ну и последняя причина, это недостаток минеральных удобрений, кстати подкормки, я бы просто порекомендовала приобрести - "Гумат натрия".
Сама также выращиваю рассаду перца , и судя из собственного наблюдения , могу предположить, плохо может ещё расти из за отсутствия дренажа в посадочном ящике.
Удачного Вам выращивания и богатого урожая.