Испокон веков наш русский народ знал, что самым главным на Руси является царь. Только он знает, умеет и может управлять таким большим государством. Без него не справиться никому с государственными делами.
Он самый умный, а это главное. По аналогии считалось, что самым главным качеством любого человека является ум. Если человек умный, хорошо соображает, если в его голове могут рождаться умные мысли, то и жить он будет хорошо. В старые времена это тоже отлично понимали и приравнивали ум к царю.
Поэтому и родились русские пословицы: У каждого свой царь в голове; свой ум -- царь в голове.
От этих пословиц и родились фразеологизмы БЕЗ ЦАРЯ В ГОЛОВЕ, НЕТ ЦАРЯ В ГОЛОВЕ, НЕ ИМЕТЬ ЦАРЯ В ГОЛОВЕ. Так говорят об очень глупом человеке, недальновидном, беспечном, о человеке, который совершает необдуманные поступки, часто даже отчаянные, бесшабашные.
Фразеологизм употребляется в разговорной речи, имеет иронический характер.
Интересно, что по отношению к человеку с противоположными качествами, т.е. об умном, здравомыслящем человеке говорят, что этот человек "С ЦАРЕМ В ГОЛОВЕ".