Мне тоже приходилось наблюдать, что кошки в машине ведут себя по-разному.
Одна знакомая кошка наотрез отказывалась ехать на дачу и потом уезжать с дачи, причём эти моменты она научилась точно вычислять и за пять минут до события тихо пропадала - приходилось устраивать облаву. Видно что в машине ей было сильно не по себе и в садке и без садка.
В чём причина сложно сказать, может шум влияет или температура или само движение, ведь кошки территориальные животные и место меняют неохотно. А может быть просто постепенности привыкания не хватило. Известно например, что кошки жутко боятся пылесосов, но если постепенно приучать, то их даже самих можно пылесосить при линьке безболезненно.
В другом случае не раз приходилось наблюдать вальяжно развалившихся котов на задней панели у стекла или даже на торпеде, окружающая обстановка их явно не волновала, они были по уши заняты своим самым важным делом - спали.
Ещё один момент о котах в машине. Если кошка спит или сидит на руках или в садке - хорошо. Вот маленькие любопытные котята, отпущенные гулять по салону, норовят залезть под блок педалей, там что-то шуршит и двигается и они туда забираются, где то по моему даже статистику таких событий приводили в общей массе дтп.