1) Способ 1 (90% что сработает)
Щелкаем по папке правой кнопкой мышки.
Выбираем пункт меню "Свойства".
Переходим на вкладку "Безопасность".
Нажимаем: "Добавить", "Дополнительно", выбираем в списке "Все" (All), нажимаем "Ok" два раза.
D столбике "Разрешить" выбираем галочку "Полный доступ".
Нажимаем "Дополнительно", ставим галочку "Заменить разрешения...".
Переходим на вкладку "Владелец", отмечаем галочку на пункте "Заменить владельца...".
Нажимаем "Ok" два раза.
Пробуем удалить папку.
С чем связан такой порядок действий?
Если прежняя ОС стояла на разделе NTFS, то папкам были назначены права доступа, запрещающие деструктивные действия пользователям с низкими правами и тем, кто не является пользователем компьютера. Обычно папка Windows открыта только для группы администраторов. Соответственно установив новую ОС вы создали нового администратора, который не является администратором в старой системе, соответственно не имеет прав доступа к старой папке Windows.
Возможное исключение - наличие в папке файлов, для которых запрещен доступ от группы "Все".
2) Способ 2 (100% сработает)
Загружаем компьютер с любого Live-CD (DVD). Желательно ОС на базе Linux. Заходим в файловую систему HDD и удаляем ненужные папки файлы.
Почему получится? Загруженной ОС наплевать на права, выданные другой системой.