Слово, правописание которого вызывает сомнение, называет предмет и отвечает на вопрос что?, значит, является именем существительным.
Наименование, наименования, наименованию, наименованием - при изменении данного существительного по падежам выясняем, что орфограмма находится в окончании.
Начальная форма данного слова - наименование. Слово среднего рода с окончанием -е, относится ко второму склонению. Но это существительное на -ие, которые в форме Предложного падежа единственного числа имеют окончание -и, а не -е, как остальные существительные второго склонения.
Предлог в употребляется со словами с Винительном и Предложном падеже.
Если в тексте слово наименование стоит в Винительном падеже ( во что? ), пишем окончание -е:
В наименование организации необходимо внести изменения.
Если же в предложении данное существительное употребляется в форме Предложного падежа ( в чем? ), то окончание будет -и:
Перепишите ценник, пожалуйста, в наименовании товара допущена ошибка.
Окончание выбираем, проанализировав контекст.