Думаю, что все станет более-менее понятно, если вспомнить, что имя Иван в разных языках звучит по разному: Иоганн, Джон, Жан, Жуан, Вано, Джанни, Иоанн (церковно-славянское), Ян и другие. В каждом языке есть особенности произношения имен.
Так и в случае с Каролиной и Шарлоттой.
Имя Шарлотта - производное от мужского имени Шарль, которое происходит от древнегерманского Карл. Так и имя Каролина - производное от имени Карл.
В древнегерманском языке, насколько мне известно, слово "карл" означало мужчина, свободный человек, позже стало использоваться в значении "король" (пошло от Карла Великого).
В разных странах имя Шарлотта звучит по-разному. В Англии - Шарлотт, Шарлин, в Голландии и Нидерландах - Шарлотт, Шарлотте.
В Германии, Греции, Польше Шарлотту чаще называют Каролиной, в Италии, Испании, Португалии - Карла, Карола, Карлотта.