Могут гнить семена и в почве, если она сильно переувлажнена, парится под пленкой, а семена оказались туговсхожими.
Могут семена и при проращивании в ткани, просто сгнить, вместо того, чтобы дать ростки. Причина тоже в недостатке воздуха и избытке влаги.
Некоторые семена не любят много влаги для проращивания, например семена перца, лучше не заливать их, а проращивать в слегка влажной ткани с доступом кислорода.
Для некоторых семян, если они долго не всходят, требуется стресс, например снижение температуры, чтобы они двинулись в рост или дали корешок.
Черви в семенах возможно от того, что изначально семена чем то заражены или с червями. Стоит сначала дождаться ростков и потом сеять в землю.