Тем что гораздо компактнее и дешевле и удобнее иметь сканер и принтер в одном корпусе. И в большинстве случаев это полностью оправдано. Особенно многих прельщает удобная функция копирования без использования компьютера.
Но к сожалению, как всегда говорят - не бывает универсальной техники во всём.
Особенно что касается сканера.
Если вам нужен хороший сканер, который должен дать четкое изображение не плотно прилегающего к стеклу предмета. Если вам нужно сканировать плёнки. Если вам нужна плавающая крышка, меняющая свою высоту или даже снимающаяся совсем (для удобства сканирования больших книг) и так далее... То вам не обойтись без настоящего полноценного сканера. Либо какого-то дорогого и монстрообразного МФУ.
А на счет принтера. Ну, допустим, устанавливать СНПЧ далеко не на каждый МФУ разумно, по техническим причинам.
Так что для особо требовательных пользователей, нужно внимательно рассматривать варианты и отдельного приобретения специализированных устройств. А для всех остальных - МФУ лучший выбор!