На первый взгляд всё общее между «маргарином» и «маргариткой» заключается в случайном сходстве их начал — в сочетании «маргар-». Действительно, одно — это пищевой жир, второе — красивый цветок, и искать общее в этих совершенно разных вещах может только неисправимый фантазёр.
Если обратиться к морфологическому составу обоих слов, мы и там общего не найдем — корни слов абсолютно разные.
У «маргарина» корень совпадает с самим словом (у него нулевое окончание).
«Маргаритка» состоит из корня «маргаритк-» и окончания «-а».
Так что, в современном русском языке однокоренными они не являются.
Однако не всё так просто.
<hr />
Когда в России появились маргаритки точно не известно. Цветок, в принципе, неприхотливый и в европейской части нашей родины в естественной среде вполне себе встречается — на сырых лугах да лесных опушках. Звали его «бархатным цветом», «бельцем», «марточкой». А название «маргаритка» появилось примерно в 18 веке — именно тогда эти цветы начали разводить как культурные в цветниках и парках.
Несмотря на своё очень русское звучание, слово «маргаритка» в нашем языке — пришелец. Правда, изрядно «обрусевший».
Проникло оно к нам, видимо, вместе с культурными сортами этих цветов и происходит от французского «marguerite» (это уже русский «добавил» к французской основе привычный суффикс «-к(а)», который позже «прирос» к корню и стал его неотъемлемой частью).
Предок же «marguerite» — греческое слово «margaritēs», т. е. «жемчужина». Почему цветок так назвали, понять нетрудно: мелкие цветочки, собранные в крупные розетки, действительно, напоминают россыпь жемчуга.
<hr />
Слово «маргарин» — тоже иностранец. Его русский язык позаимствовал уже в 19 веке. И, что интересно, тоже из французского.
У слова, кстати, имеется вполне законный «отец»: его специально создал Мишель Эжан Шеврёль — французский химик, исследовавший некоторые жирные кислоты. Сотворил по всем правилам «химического языка»: из основы, обозначающей соответствующую кислоту, и суффикса «-ин», применяющегося для обозначения органического химического соединения.
Известный, к слову, был химик.
«Маргарином» он назвал жир, производное маргариновой кислоты. Это органическое соединение в природе встречается в очень малых количествах, например, в бараньем жире или в оливковом, арахисовом и сливочном масле.
Кислоту назвали «маргариновой», потому что она в твёрдом виде блестит. Точнее, слабо отливает перламутровым или жемчужным. А жемчуг, как мы уже знаем, во французском языке звучит как «marguerite».
<hr />
Так что, хотя «маргарин» и «маргаритка» — вещи абсолютно разные и слова не однокоренные, нечто общее в них имеется. Оба они — заимствованные, оба пришли из французского языка и оба имеют одного и того же предка — греческое слово, обозначающего жемчужину.