На данный момент есть три основные версии происхождения Джона Сноу, которых придерживается большинство поклонников саги.
1) Л+Р - Лианна Старк и Рейегар Таргариен.
Как мы помним, согласно официальной версии, принятой в Вестеросе, Рейегар Таргариен, отложив в сторону арфу и взявшись за меч, коварно украл Лианну Старк и надругался над ней. А дальше начинается версия неофициальная - северянка не была убита принцем, родила в положенный срок мальчика и отошла в мир иной не по вине Таргариена, а ввиду плачевного состояния акушерства и медицины. Мальчика назвали Джоном и объявили внебрачным сыном брата Лианны, Эддарда Старка.
За эту версию говорит описываемый характер Рейегара (ну не мог он измордовать понравившуюся девушку, не мог), воспоминания Эддарда Старка о смерти сестры (очень похоже на трудные роды) и видения, показанные Дейнерис (голубая роза на Стене - похоже на отсылку к Джону Сноу и тому, что его мать - Лианна).
2) Э+Э - Эддард Старк и Эшара Дейн.
Вторая по популярности история, не менее трагичная. Молодой волк влюбляется в прекрасную леди Дейн, между ними проскакивает искра...а потом случается восстание, и Эддард убивает горячо любимого брата Эшары, лучшего из воинов королевской гвардии, Артура Дейна. Приносит меч Эшаре, та благодарит, а затем сбрасывается с башни так, что тело не могут найти. Где-то между этими событиями она успевает зачать и родить от Эддарда сына, которого тот привозит домой и называет Джоном.
Если септа Лемор действительно окажется выжевшей Эшарой Дейн, как многие думают, то на эту теорию будет пролит свет.
3) Э+никому_не_известная_женщина.
Эта версия реалистична, если сравнивать Вестерос с реальным миром, но проблема в том, что она никому не интересна. Вообще никому. На фоне трагического блеска первых двух третья не заиграла бы, даже если б от Эддарда забеременнела не одна, а сразу десять никому не известных и ничего не значащих персонажей.
Сам Джордж Мартин на все вопросы хитро отмалчивается, а жена его заговорщицки шепчет, что в Песни Льда и Пламени не может быть слишком очевидных сюжетных поворотов.