Хорошая постановка вопроса:) Вылечить, не навредив...
Начнем с того, что причина гастрита, гастродуоденита, язвы - чаще всего психологическая. Ищите причину в себе - из-за чего началось заболевание. Если разберетесь с психологической подоплекой, вполне возможно, болезнь потихоньку уйдет. В моей жизни такое было дважды.
Если уж говорить о лечении, опять же, из личного опыта:
Антибиотики - имели отрицательный эффект. Хеликобактер пилори - не причина, а следствие болезни (в воспаленном желудке им живется лучше, вот и размножаются).
Всякие средства, понижающие кислотность (альмагель, фосфалюгель, маалокс) - снижали боли, позволяя дожить до того счастливого момента, когда проблема будет решена.
Травы - толку мало было.
Лечение по методике Фолля - толку мало.
Гомеопатия - я к ней пришла уже после разрешения своих психологических проблем, когда болезнь пошла уже на убыль - так вот гомеопатия (классическая) помогла распроститься с болезнью окончательно. Вот уже лет 8 как живу без таблеток.