Инстанция одна, но пройти ее придется не один раз. Гражданином РФ может стать любой изъявивший желание (нюансы опущу). Для начала надо оформить РВП. Далее, через полгода, подаются документы на ВНЖ. Следует иметь работу, доход не меньше минимума, регистрацию. Ежегодно проходить подтверждение, нельзя длительно выезжать. По ВНЖ надо прожить 5 лет. После этого подавать документы на гражданство. Придется подтвердить знание русского языка, опять же доход. Это в кратце общий порядок получения гражданства РФ. Есть так же упрощенный - при наличии близких родственников РФ, для родившихся в СССР на территории РФ, для белорусов, казахов, переселенцев. Здесь уже все нюансы зависят от оснований. При упрощенном гражданстве сокращается время рассмотрения, не требуется РВП и состав пакета документов отличается.
Ранее вопросами гражданства занималась УФМС (Управление Федерально-миграционной службы), и в каждом территориальном округе было свое отделение. Сейчас эту службу упростили, и вопросами гражданства занимается МВД. А также упростили все отделения, и например, все желаюшие подать документы в Москве едут в один многофункциональный миграционный центр (ММЦ), Управление по вопросам миграции, который находится у черта на куличках, точнее, Варшавское ш, 64 км.
Сайт ГУВМ МВД, где можно узнать кое-какую информацию