Для лицензионного софта вы приобретаете и право на бесплатные его обновления по мере выхода новых версий. Эти новые обновления, правда, не всегда бесплатные (особенно для сложных программных пакетов - например, Cadence или Silvaco), но а) всяко доступны, если у вас легальная исходная версия, и б) всяко дешевле, чем если приобретать их просто так, а не как апгрейд уже имеющеейся версии.
Ну и поддержку не стоит сбрасывать со счетов. На самом деле возможность напрямую задать вопрос разработчикам, и не только по работе собственно программы, но и по корректности своих с ней действий (что для пакетов моделирования, тот же Silvaco или OrCAD, порой критически важно), тоже дорогого стоит.
По поводу чистоты от вирусов - дело независимое. Разумеется, в лицензионных пакетах, полученных по официальных каналом, гарантированно нет вирусов, - но их точно так же может н быть и в левых пакетов, скаченных с торрентов или откуда-то ещё. Оно конечно, что "может не быть" не совсем то, что "гарантированно отсутствуют", но штука в том, что отсутствие вирусов в дистрибудтиве всё равно не делает компьютер, как и сам пакет, неуязвимым для вирусных атак. В конце концов, вирусы могут заразить любую ОС (хоть винды, хоть Макось, хоть Линукс), в том числе и лицензионную. Просто "приобретаются" они потом отдельно...