Считаю, что почти все ответившие во многом правы. Хотелось бы тоже внести и свою лепту в этот вопрос о моём любимом городе.)
Итак, что известно многим ещё со школы - это то, что город действительно основал Пётр-1-й, но не именем себя, а (есть такая, документально подтверждённая, версия) именем Апостола Петра (того самого, который в паре с Апостолом Павлом...), так как Пётр первый родился 29-го июня (в Петров день) и ещё задолго до основания города хотел назвать какую нибудь крепость в честь своего небесного покровителя (соответственно Piters/Петер/Пётр). И слово Санкт/"Saint" по-шведски и по-английски означает "Святой", кроме того созвучные слова есть в немецком и голландском языках, т.к. ещё по одной версии это слово было имитацией произношения голландского "Sint", где Пётр некоторое время учился и сам Петербург он создал по подобию Амстердама.
Если заглянуть во времена ДО основания города на Неве, то известно, что уже с VIII—IX веков район Невы и Ладожского озера был зоной контактов между Северной и Восточной Европой (если не брать ещё более древние времена, например в районе реки Сестры были найдены поселения древнего человека 3000-летней давности), и в районе Финского залива и Ладоги уже были поселения в виде крепостей (По-немецки „die Burg“ Бург или Бурх, т.е. "крепость"). В 1703 году в этих районах преобладал немецкий и шведский язык.
Первое строение Санкт-Петербурга была крепость на Заячьем острове. Ранее он назывался по-шведски Люст-хольм (Весёлый остров) и Тойфель-хольм (Чертов остров) (т.е. поселения там уже были ранее). После постройки крепости некоторое время остров называли Крепостным. Да и Васильевский остров (ранее по-фински Hirvi-saari (Хирвисаари/Лосиный остров) и по-русски Васильев остров) упоминался ещё в документах XVI века. Т.е. "Бургов" в окрестностях Невы было достаточно много (чего стоят только такие крепости, как Ниеншанц и Орешек).
Есть ещё одна версия (неизвестной мне достоверности), по которой Финский залив (ранее Ливонский, Котлинское озеро) был некоторое время назван Залив Петра и Павла или просто Залив Св. Петра и некоторые крепости и поселения носили приставку Piters.
Само слово "Санкт-Петербург" изначально не имело дефиса и видоизменялось множество раз, например варианты из писем Петра:
„Санктъпетерсъбуркъ“, „Санктъпетербуркъ“ (1703–1704 гг.), „Санктъпитербурхъ“ (1703, 1714 гг.), „Санктпитербурхъ“ (1703–1705, 1710 гг.), „Санктпетербургъ“ (1704 г.), „Сантпитербурхъ“, „Санпитербурхъ“ (1703, 1704 гг.), „Сантъпитербурхъ“ (1705 г.), „Питербурхъ“ (1704–1706, 1712, 1724 гг.), „Питербургъ“ (1705 г.), „Санктпетерзбуркъ“ (1710 г.).
Вот такая она "Святого - Петра - Крепость" - "Святаго Петра крѣпость" - "Святаго Петра градъ".