Слово «щепоть» происходит от глагола «щипать», а тот, в свою очередь, происходит ещё из праславянского языка. Не случайно слова с этой основой («щипцы», «щипок») есть и в других славянских языках: украинском, белорусском, болгарском, сербском, польском и других.
Глагол «щипать» в первом и основном значении – защемлять пальцами кожу. А для того, чтобы ущипнуть, необходимо сложить пальцы особым образом. То есть щепоть – это пальцы, сложенные для щипка.
В таком положении (большой, указательный и средний сведены вместе) удобно не только кого-нибудь ущипнуть, но и взять небольшое количество того или иного сыпучего продукта, например, соли. Получается, что мы её «ущипываем» – берём щепотку.
А ещё из-за щепоти возник конфликт на Руси в середине XVII века, когда патриарх Никон инициировал и проводил церковную реформу. Одним из нововведений стало изменение в наложении крестного знамения. Если прежде крестились двумя перстами, то теперь велено было переходить на троеперстие. Это вызвало возмущение старообрядцев: как же так, разве можно креститься щепотью?