Смотрите из следующих соображений:
Если вы выкладываете последние деньги за жилье, нужно срочно переехать, так как негде жить, то чистовой вариант предпочтительней.
Плюсы: сразу и быстро.
Минусы: рано или поздно, захотите переделать. Удаление отделки и приведение к "черновому" варианту занятие грязное, нудное и затратное. К тому же Вы уже живете. А жить и делать ремонт - это только для психически устойчивых пофигистов.
Когда покупаете квартиру в черновой отделке, вы можете творить все, что угодно. Проверено на собственном опыте, что сразу надо переделывать электропроводку, стояки ХВС и ГВС, разводку, канализацию. Если повезет, то окна и входная дверь Вас порадуют, но мы же не в сказке...
Большим плюсом является то, что делаете сразу под себя. То есть в том виде, как душе угодно.
Минусы: практически невозможно жить, требуются значительные средства на ремонт.