На сайте ЯндексДеньги есть специальная закладка - Как снять деньги. В ней перечисленные все возможные способы вывода денег, в том числе на банковский счет или на карту. К сожалению, ни один из этих способов не предлагает бесплатный вывод. Минимальная комиссия - 3%.
Для себя я выбрала такой способ: если мне нужно обналичить крупную сумма, прошу знакомых оплатить их квартплату, или телефон (если сумма небольшая). Иногда оплачиваю свои коммунальные услуги. По-другому, боюсь, без процентов никак не вывести.
Кроме того, я заказала себе карту ЯндексДеньги, она бесплатная, правда, с нее снять деньги без процентов не получится, но зато ею можно расплачиваться в магазинах, как реальных, так и виртуальных.