Ответ я нашёл, читая Википедию. В статье "ижица" встретилось такое предложение:
Известно, что до орфографической реформы языка 1918 года ижица встречалась в русском языке в словах, заимствованных из греческого, но только на месте греческой буквы "ипсилон". В основном, конечно, это были слова из церковного обихода (православной тематики). Существительное "ипостась", обозначающее один из трёх ликов христианского Бога, происходит от греческого ὑπόστασις — сущность, личность или существование. Оно начинается с ипсилона, а по-русски его могли писать с ижицей. Но полного единообразия, по-видимому, не было. А располагалась ижица в самом конце дореформенного русского алфавита, после фиты, которая, в свою очередь, стояла после Я.
Что касается иконостаса, то это слово всегда писалось только через И (иже, или и восьмеричное). Нет никаких оснований писать его через ижицу. До 1918 года, по общему правилу, на конце существительного "иконостасъ" был твёрдый знак, он же ер.
Собственно ответ на вопрос. В тех изданиях словаря живого великорусского языка Владимира Даля, где слова "иконостас" и "ипостась" оказались разнесёнными по разным томам, — иконостас находится во втором томе (от И до О), а ипостась — в четвёртом и последнем (от Р до V [ижицы]). Предположу, что это было в более ранних изданиях. Если же в издании словаря, видимо, в каком-то позднейшем, эти два слова соседствуют в одном томе, то, очевидно, это второй том.
Вот цитаты из второго издания словаря: