Счет-фактура - это документ, подтверждающий получение денег по безналу той организацией, которой мы эти деньги перевели. Нужен для бухгалтерской отчетности. Не все организации могут делать счет-фактуры. Организации находящиеся на упрощенке счет-фактур не выдают.
Счет-фактура дается с товаром, нужна тем, кто платит налог на НДС.
Накладная - для выдачи/получения товара непосредственно. По ней ведется учет принятого товара. Предприниматель, продавший товар, должен выдать накладную. Если же он налогооблагаем и товар с НДС, то плиз счет-фактуру для налоговой. Если же он от налога освобожден, то счет-фактура не нужна. Там, где есть НДС, есть и счет-фактура.
В принципе накладная и счет-фактура дублирую друг друга по содержанию. Как правило в обоих документах все реквизиты обоих структур (покупатель и продавец), наименование и цена товара.
Вы не уточнили в какой стране Вы живете и я не понял, что такое 1с (может у Вас это всем ясно, извините). Счет-фактура выписывается, как основание для оплаты за товар или оказанные услуги. До этого порой заключается договор, например на оказание услуг, в котором оговариваются все обязательства обоих сторон. после выполнения работ или части работ, оформляется акт приема работ, а на основании его и выписывается счет-фактура. Иногда путь короче и выписывается только счет-фактура, которая является и обязательством оплаты товара и ли услуг. В бухгалтерии, при расчете налогов используется счет-фактура, наличие которой, засчитывается как получение денег предприятием, даже если они и не получены.
Организации, ситуации бывают разные. Многое зависит от того, как распределено или работают "по традиции" предыдущих работников. Мне кажется сначала нужно изучить должностную инструкцию работников, именно там прописывают все обязанности работника. Если же там не прописано, то обсудить совместно , обговорить, как оформить документы.
А разве при УСН вообще выписывается счет-фактура? Или я отстал от жизни... :) Или это покупателю приспичило?
Насколько я помню, ставка НДС=0% - это для отдельных видов деятельности, в случае УСН, если уж выписываете счет-фактуру, должно быть "Без НДС".