Давайте попробуем поискать. Ну, Омск и Самару Вы уже упомянули.
Абакан. Он стоит в устье Абакана, хотя к Енисею здесь подобраться довольно сложно. Но, тем не менее, Енисей тут есть.
Аксай. Здесь спорный вопрос. Аксай - это рукав Дона, достаточно далеко отделённый от основной реки. Сам город частично стоит возле Аксая, а частично возле собственно Дона, от рек его отделяет железнодорожная линия Лихая - Ростов-на-Дону.
Ещё один яркий пример - город Алатырь в Чувашии. С востока его ограничивает красавица-Сура, а приток Алатырь впадает в северной части. При этом Алатырь довольно крупная река, её длина около 300 км.
Аткарск, Саратовская область. Город рос на речке Аткаре, но к настоящему времени дорос до более крупной Медведицы, потому с определённой долей вероятности его вполне тоже можно отнести к данной группе.
Белая Калитва в Ростовской области отдалённо похожа на сильно уменьшенный вариант Омска, здесь Северский Донец, уже достаточно крупная река, в самом центре города принимает в себя более мелкую Калитву.
Бердск, Новосибирская область. Этот город стоит на берегу Новосибирского водохранилища, разделённый на две части Бердским заливом. по сути, совсем рядом с городом Бердь могла впадать в Обь, но вот только Обь разлилась навстречу при наполнении водохранилища.
Бирск, Башкортостан. Бирь протекает по северной окраине города, где впадает в Белую. Но сам город протянулся именно вдоль Белой.
Бодайбо, Иркутская область. Стоит на Витиме, но название получил от притока, который впадает в черте города.
Бузулук, Оренбургская область. Здесь уже Самара выступает в роли главной реки, Бузулук впадает в южной части города.
В Валуйках Белгородской области речка Валуй впадает в достаточно длинный Оскол.
Вельск, Архангельская область. Здесь Вель впадает в Вагу, хотя Вага не столько отражается в быте города.
С Воронежем история обратная: традиционно считается, что он стоит на Воронеже, но его устье всё же находится в черте города, да и Дон течёт по границе. потому я и Воронеж добавлю в этот список.
Дубна - известный город в Московской области. Здесь есть и Волга и канал имени Москвы, но город назван всё-таки в честь более мелкой реки.
Дудинка - важный порт на Енисее в Красноярском крае. Река Дудинка широка, хоть мало обитаема.
Елец старше Москвы, традиционно считается, что стоит он на Сосне, притоке Дона, однако, на самом деле название городу дала река Ельчик (в прошлом - Елец).
В Ирбите Свердловской области Ирбит впадает в Ницу в черте города. Ница при этом через город течёт несколько дольше.
Иркутск. Тоже один из крупнейших городов. Здесь довольно большой Иркут впадает в Ангару.
В Каменске-Шахтинском (Ростовская область) Малая Каменка впадает в Северский Донец, а в Каменске-Уральском (Свердловская области), Каменка впадает Исеть, берега рек в этих местах могут похвастаться просто огромным количеством разных скал, достойных посещения.
Кинешма - второй по значению город Ивановской области, здесь речка Кинешемка образует залив в пределах Горьковского водохранилища, то есть основная река всё-таки Волга.
Кирово-Чепецк (Кировская область). С востока от города течёт Чепца, с севера Вятка.
Коряжма - молодой промышленный город с целлюлозно-бумажным комбинатом на берегу Вычегды в Архангельской области. В черте города в ней впадает Большая Коряжемка. Названию же города дала деревня на месте города.
Река Кострома украшает одноимённый город на брегу Волги.
С городом Курском всё намного сложнее. Город стоит на Сейме - крупнейшем притоке Десны. Но названию городу дал небольшой ручей Кур, являющийся для Сейма притоком второго порядка, то есть впадающий в Тускарь.
Куса, Челябинская область. Здесь река Куса впадает в Ай бассейна Уфы.
Минусинск (Красноярский край) расположен недалеко от Абакана на Минусинской протоке Енисея, название городу дала небольшая речка Минуса.
Миньяр в Челябинск области построен у впадения Миньяра в Сим.
То же касается и Могочи (Забайкальский край), город стоит на Амазаре, а Могоча впадает в него достаточно далеко от центра.
Можайск большей частью стоит на Можайке (Можае), Москва ограничивает город с севера.
В черте Мценска Орловской области в Зушу (приток Оки) впадают реки Мцна и Мецна, при этом центр города находится с противоположной стороны Зуши.
Невинномысск (Ставропольский край). Многие версии происхождения названия города связывают его с рекой Невинка (Невинная), впадающей за южными окраинами города в Кубань. Впрочем, некоторые источники упоминают, что эта же река в своём прошлом имела нецензурное название, как и станица при ней.
Нытва (Пермский край) большей часть стоит на Нытве, однако городской микрорайон Усть-Нытва выходит к Каме. Спорно, но всё же.
Нязепетровск, Челябинская область. Город на две примерно равные части делит река Уфа, с севера в неё впадает Нязя, в северной же части и началось развитие города.
Олёкминск, Якутия. Стоит на Лене, назван в честь Олёкмы, которая впадает в Лену существенно ниже по течению.
Орёл - один из ярких примеров. Здесь Орлик впадает в Оку, всё довольно красиво обустроено.
Орск стоит возле впадения Ори в Урал. К слову, изначально где-то здесь построили Оренбург, потом уже перенесли существенно ниже по течению. Так что два в одном.
Оса (Пермский края) в нстоящее время находится между Камой, Тулвинским и Осинским заливами. Речка Осинка город касается лишь слегка.
В Пензе в Суру впадает река Пенза, хотя вопрос про курицу и яйцо остаётся открытым, как и для многих других ситуаций.
В Пскове в реку Великую впадает небольшая Пскова, на стрелке как раз и находится псковский кром - главная достопримечательност<wbr />ь города.
Серпухов (Московский область) стоит на реке Наре, которая через несколько километров впадает Оку, название городу дала речка Серпейка, начинающаяся здесь же рядом. Серпейка петляет по центру города.
Стерлитамак - второй по значению город Башкортостана. С востока его ограничивает река Белая, а город назван от имени притока второго порядка - Стерли.
Сызрань в Самарской области впадает в Волгу на территории Сызрани. Здесь образуется большой залив.
Гидротопонимические ойконимы в России имеют не только славянское происхождение. Например, название Сыктывкара произошло от названия реки Сысола на языке коми (Сыктыв), которая на окраине города впадает в Вычегду.
В Калужской области есть город Таруса, здесь река Таруса впадает в Оку.
Возвращаемся к Волге. Ещё один областной центр на ней названный в честь притока - это Тверь, а речка называется Тверца.
Тобольск расположен на левом берегу Иртыша, тогда как Тобол является правым притоком, прямо напротив города находится его устье.
Тогучин (Новосибирская область), здесь небольшая Тогучинка впадает в Иню (бассейн Оби).
В отдельную группу стоит отнести города Улан-Удэ (Уда в Селенгу), Усть-Джегута и Усть-Лабинск (в Кубань), Усть-Кут (в Лену), Усть-Илимск (в Ангару), Усть-Катав (в Юрюзань).
В пределах Уфы Уфа впадает в Белую, обе реки достаточно крупные, но Белая всё-таки известнее.
Следующий крупный город - Чита. Здесь Чита впадает в Ингоду (бассейн Амура).
