Вообще-то противоречат. В Уставе ООН первая статья, п. 2 гласит:
В то же время, принцип территориальной целостности государств был впервые установлен в п. 4 ст. 2 Устава ООН и позже получил развитие в Декларации об укреплении международной безопасности.
История развития государств в прошедшие десятилетия неоднократно показывала эти противоречия. Государства распадались и объединялись.
В 1990-м году объединилась Германия. В 1991-м году распался СССР, за ним в 1992-м- распались Чехословакия, Югославия. Это из новейшей истории. На самом деле процесс создания и распада государств идёт на протяжении всего существования человечества.
Организация Лиги Наций, а затем ООН была призвана эти процессы ввести в правовое русло и в рамки международного права. Однако, это право неоднократно нарушалось исходя из политических и экономических соображений заинтересованных стран.
Самым беспрецедентным случаем является отделение Косово от Сербии. Вопреки чаяниям народа, Косово было отделено.
И вот здесь на первый план выходит право нации на самоопределение, если оно поддерживается большинством жителей этой страны. Тогда оно становится приоритетным.
Что, очевидно, произошло в Крыму. Республика отделилась от другого государства-Украины, стала независимой и выразив своё волеизъявление на референдуме, присоединилась к России.