Йоан Молло — воспитанник футбольного клуба «Монако». Дебютировал в команде 18 октября 2008 года в матче против «Ниццы»[1]. 7 февраля 2009 года забил первый гол за «Монако» (в матче Лиги 1 с «Лорьяном»[2]). Всего в чемпионатах Франции 2008/09 и 2009/10 Молло провёл за «монегасков» 42 матча и забил 2 гола. Летом 2010 года «Монако» покинул Лигу 1, и в течение следующего сезона полузащитник выступал на правах аренды за «Кан».
Летом 2011 года Йоан Молло перешёл в испанский клуб «Гранада». Впервые сыграл за новую команду 27 августа 2011 года в матче против «Бетиса», заменив на 66-й минуте встречи Хайме Ромеро[3]). До окончания 2011 года ещё 5 раз выходил на замену в составе «Гранады»; вторую половину сезона он провёл в аренде в клубе «Нанси».
В «Нанси» Молло дебютировал 14 января 2012 года в матче с «Лорьяном»[4]. В следующей игре в чемпионате Франции полузащитник забил гол в ворота «Осера»[5]. Всего Молло сыграл за «Нанси» в различных турнирах 22 матча, в которых забил 3 гола, и летом 2012 года заключил с французским клубом свой следующий контракт.
Гол, забитый Молло в ворота «Бреста» в стартовом матче следующего сезона, принёс команде единственную победу в первом круге чемпионата[6]. В 2012 году полузащитник провёл за команду ещё 18 матчей в чемпионате и кубке лиги.
Вторую половину сезона Молло проводит за «Сент-Этьен», выступая за команду на правах аренды. В первом же матче чемпионата, сыгранном за «зелёных» 11 января 2013 года, он отметился голом в ворота «Тулузы»[7].
20 августа 2015 был отдан в годичную аренду в "Крылья Советов" Самара, Россия.[8]