В свое время задался этим вопросом и, как следствие, перепробовал очень много программ для защиты папок. Также посмотрел множество видео и перечитал огромное количество статей. Как то ничего не нравилось, всегда присутствовали существенные минусы, хотелось чего-то удобного и портативного. И вот, однажды, попалась мне программа "Folder Protector" - в отзывах были и негативные комментарии, но все же, решил попробовать. Пользуюсь этой программой уже боле двух лет, нареканий никаких нет. Программа очень удобная, один единственный файл держу в отдельной папке, когда нужно запаролить очередную папку, копирую этот файл в ту папку, которую нужно защитить, задаю пароль и все готово. После того, как папка запаролена, ее уже нельзя никуда переместить или скопировать на флэшку (точнее, папка скопируется, но будет пустая), чтобы посмотреть файлы нужно либо полностью извлечь файлы, то есть распаролить папку или, что очень удобно, создается виртуальный диск (все происходит мгновенно) и пользователь с ним работает как с обычной папкой, пока ее не закроет и снова нужно будет вводить пароль. Очень удобная вещь, всем рекомендую.